A recusa de visto dos Estados Unidos realmente terá um impacto em suas viagens futuras. Por exemplo, se você mudar de cidadania - ou os EUA estenderem o VWP para incluir seu país - você não terá permissão para entrar nos EUA sem visto devido à sua recusa. Além disso, alguns países perguntam se você já teve um visto recusado para qualquer país, e isso geralmente é percebido de forma negativa.
No seu caso, a abordagem mais simples deve ser evitar o problema por completo tendo uma conversa honesta com seu chefe e equipe. Na maioria das organizações, haveria pessoas dispostas a saltar de argolas para visitar os EUA - é muito mais fácil para seu chefe mandar para os EUA alguém que realmente queira ir para lá. Suponho que, uma vez que era possível mudar de outra pessoa para você, fazer outra troca também deveria ser possível.
No entanto, se você ainda decidir fazer conforme planejado, a melhor abordagem seria manter até o último minuto e envie a papelada incompleta (um passaporte errado - passaporte interno ou expirado), para que seu caso seja devolvido sem ser processado e você não possa reenviá-lo a tempo.
Seja ciente de que qualquer estratégia pode ter consequências para o seu trabalho, pois seu empregador perderia a oportunidade de visitar o congresso, além de perder dinheiro. Se você recusou um visto sem motivo óbvio, e a empresa planejou enviá-lo para os Estados Unidos no futuro, isso pode custar seu trabalho também. Ou o acima, por exemplo - uma recusa de visto é compreensível, mas a maioria dos chefes provavelmente não gostaria de ter um funcionário que não consegue nem apresentar um passaporte adequado com o pedido de visto. Portanto, levantar a questão de maneira educada e honesta é provavelmente a melhor solução.